Per l'identificazione dei minerali si può procedere a vari livelli: possiamo esaminare le propietà fisiche cioè : il colore (che deve essere osservato su un esemplare inalterato, poichè l'alterazione,dovuta agli agenti atmosferici, lo può modificare. Molto spesso si fa riferimento al colore che assume la polvere di quel determinato minerale), lucentezza (è il modo in cui il minerale riflette la luce e può essere metallica, non metallica,vitrea, sericea, madreperlacea, ecc..), la sfaldatura (cioè se vi sono delle direzioni preferenziali di rottura del minerale), la durezza (vedi scala di Mohs), il peso specifico, la forma cristallina (detto habitus sono state individuate 7 sistemi di cristallizzazione e 32 classi), fluorescenza, solubilità, magnetismo e radioattività. Senza entrare nei dettagli è ovvio che alcune di queste propietà si possono rilevare direttamente in campagna.
Molto spesso individui di una stessa specie cristallina si presentano geminati ossia associati secondo regole ben definite di simmetria ("leggi di geminazione").
Importanti sono le analisi ottiche sulle sezioni sottili (cioè il minerale viene affettato in fette talmente sottili che la luce le può attraversare in modo da poter essere studiate al microscopio (vedi le serie magmatiche). Si può infatti risalire alla natura e genesi dei minerali dall'osservazione di come essi appaiono. Sotto il tipico esempio di sfaldatura, in questo caso parallela al piano orizzontale, comune nelle miche. Accanto cristalli di quarzo che mostrano il loro tipico "habitus" di cristallizzazione.